植物包含许多不同的分子直接或间接参与光合作用,也可以使颜色。叶绿素分子的混合物在菠菜中发现,例如,吸收几个波长的可见光,与不同的吸收峰蓝范围(400 - 500 nm)和橙色系的范围(600 - 700海里)。不吸收可见光的结合似乎绿色人眼。叶绿素包含一个卟啉环的结构与镁离子的中心。卟啉环分子的光吸收。叶绿素是植物叶绿体的类囊体板中找到。

类胡萝卜素,辅助色素生产的色素母细胞,与许多植物中观察到的颜色。有数百种不同的类型的类胡萝卜素。胡萝卜的颜色通常是橙色,但并不局限于橙色,胡萝卜素。胡萝卜素是一个姓几个化合物也会叫萜烯。

另一种类型的类胡萝卜素phyto-pigment叫做花青素。紫色的颜色红卷心菜和生锈的红肉的血橙是由于花青素的存在,也有改变颜色的性质变化博士花青素吸收紫外线,使用植物来执行两个重要功能:为了吸引昆虫,增加授粉,作为“防晒霜”保护植物细胞的其他部分如DNA从有害的紫外线辐射。

叶绿素荧光物质。荧光物质可以吸收光线的波长,然后重发射一个新的和更长的波长的光。正如上面可以看到在图1中,叶绿素吸收光的紫色和蓝色区域的可见光谱。如果一个紫色或蓝色光照耀通过菠菜提取样品,颜色变红的解决方案。红色的强度表明多少叶绿素的样本。